Ein Jahr ist vergangen, seitdem die Freunde um Gelb in der Kanto- Region der Bedrohung durch die Top Vier Einhalt geboten haben. Gold, ein Pokémon-Trainer aus Neuborkia, wird eines Tages eine mit Poké-Bällen gefüllte Tasche gestohlen. Wild entschlossen, sie wiederzufinden, begegnet er auf seiner Suche bald Silber, der gerade aus Professor Linds Labor ein Pokémon entwendet hat.